Az LQTS-t okozó gének többsége a szív egyes kálium, nátrium és kalcium ioncsatornáit felépítő fehérjéket kódol, ezek szerint az LQTS a szív ioncsatornáinak betegsége. A KCNQ1 és KCNE1 gének a kifelé irányuló, egyenirányító lassú kálium (I_Ks) csatornát; a KCNH2 és KCNE2 gén a kifelé irányuló, egyenirányító gyors kálium (I_Kr) csatornát, az SCN5A gén a szív nátrium csatornáját (I_Na) kódolja. Az mutációk által érintett I_Ks és I_Kr ioncsatornák strukturális vagy funkcionális károsodása a repolarizáló, kifelé irányuló K⁺ áramot késleltetik, míg az SCN5A gén mutációi a szívizom depolarizációját elindító Na⁺ csatorna késői inaktiválódását és újranyílását okozzák. Mindezen eltérések hatására a szívizom repolarizációja megnyúlik, ami az EKG-n a QT szakasz meghosszabbodásában jelentkezik. A megnyúlt repolarizáció celluláris szinten ún. korai utódepolarizáció kialakulását teszi lehetővé, mely a kamrai ritmuszavar kialakulásának celluláris elektrofiziológiai triggere.

Az LQTS allélvariánsa a rövid QT szindróma (short QT syndrome, SQTS) melyben az KCNH2, KCNQ1, KCNJ2 ioncsatorna gének mutációit mutatták ki (10. táblázat). Itt a mutációk az ioncsatornák működésénk fokozódásához vezetnek, mely miatt a testfelszíni EKG QT távolsága rövidül (6, 7).

10. táblázat. Rövid QT szindrómát (SQTS) okozó gének és főbb jellemzőik.