A HCM genetikai hátterében főként a sarcomer egyes komponenseit kódoló gének mutációi állnak (1. táblázat). HCM-hez vezet többek között a ß myozin nehéz lánc-, troponin T- és I-, a tropomyozin-, myozin-kötő C fehérje-, esszenciális myozin könnyű lánc-, regulatorikus myozin könnyű lánc-, aktin és titin gént érintő mutációk. Közülük a ß myozin nehéz lánc- és myozin kötő C fehérje gén mutációi a leggyakoribbak (kb. 15-20%), a troponin T mutációk (kb. 5%) és a tropomyozin mutációk kevésbé frekvensek. Utóbbi években a sacomer Z-sávját kódoló génekben (alfa aktinin 2-, T-cap, LIM-fehérje gének) ill. a Ca-hemosztázisban szerepet játszó gének (foszfolambán, junctophyllin-2) mutációit is kimutatták HCM-es betegekben (2. és 3. táblázat).

Gén	Szimbólum	Lókusz	Előfordulás (%)
béta myozin nehéz lánc	MYH7	14q12	15-25
myozin kötő C fehérje	MYBPC3	11p11.2	15-25
troponin T	TNNT2	1q32	<5
troponin I	TNNI3	19q13.4	<5
troponin C	TNNC1	3p21-p14	<1
alfa-tropomyozin	TPM1	15q22	<5
aktin	ACTC	15q14	<1
esszenciális myozin könnyű lánc	MYL3	3p21.31	<1
regulatorikus myozin könnyű lánc	MYL2	12q24.21	<2
titin	TTN	2q31	<1
alfa myozin nehéz lánc	MYH6	14q11	<1

1. táblázat. Hypertrophiás cardiomyopathiát okozó sarcomer gének és főbb jellemzőik.

Gén	Fehérje	Locus	Előfordulás (%)
ACTN2	alfa actinin-2	1q42	<1
MLP/CSRP3	LIM fehérje	11p15.1	<1
ZASP/LBD3	cypher-LIM kötő domain 3	10q22.3	1-5
TCAP	Tcap fehérje (telethonin)	17q12	<1
VCL	vinculin/metavinculin	10q22.1	<1
MYOZ2	myozenin 2	4q26	<1

2. táblázat. Hypertrophiás cardiomyopathiát okozó Z-sáv fehérje gének és főbb jellemzőik.

Gén	Fehérje	Locus	Előfordulás (%)
JPH2	junctophyllin-2	20q12	<1
PLN	foszfolambán	6q22.1	<1

3. táblázat. Hypertrophiás cardiomyopathiát okozó Ca-hemosztázis fehérje gének és főbb jellemzőik.

A HCM géneket érintő mutációk jellegüket tekintve leginkább misszensz pontmutációk, mely a mutáns kodonban kódolt aminosav egy másik aminosavra való cseréjét okozzák. A misszensz mutációk mellett mikrodeléciók és a DNS szálról átíródó mRNS hasítását irányító ‘splice site' mutációk is ismertek, ez utóbbiak szinte kizárólag a myozin kötő C fehérje génben (1, 2, 4).

A HCM molekuláris patomechanizmusa pontosan nem ismert. A leginkább elfogadott elmélet szerint a HCM mutációk ‘poison polypeptide' mechanizmus alapján okoznak HCM-et, amennyiben a mutáns sarcomer fehérjék átíródnak, majd be is épülnek a sarcomer multiplex szerkezetébe, s akadályozzák annak normális működését. Egyes mutációk a kontrakció erejének in vitro kimutatható csökkenésével járnak, míg más mutációk "hyperkontraktilis" sarcomereket eredményeznek. Ez utóbbiak közvetlenül vezetnének a myocyták hypertrophiájához, míg az előbbi esetben a hypertrophia kompenzatorikus lenne.