A homocisztein (Hcy) a metionin metabolizmus során keletkezik. Normálértéktartománya: <12,45 µmol/l. Emelkedett szintje a thrombozis és CVD rizikómarkere. Emelkedését okozhatja genetikai háttér (pl: cystathionin - β - szintáz -CBS- hiánya, B₁₂ vitamin vagy folsav hiány), betegségek (daganatok, cukorbetegség, veseelégtelenség, pajzsmirigy túlműködés (hiperthyreosis), magasvérnyomás), gyógyszeres kezelések (metformin).

A Hcy csökkenti az endothel sejtek élettartamát, fokozza a szabadgyök képződést és lipidperoxidációt. Csökkenti az érendothel NO és prosztaciklin termelését. Növeli a thrombociták aggregációs hajlamát és a véralvadást. Fokozza az arteriák falának megvastagodását. A MetS során még nem tisztázott, hogy emelkedett szintje ok vagy okozat.