Heterotrófok
A baktériumok többsége a saját sejtjük építéséhez a környezetből felvett szerves anyagot használ fel az anyagcseréje során vagyis heterotróf táplálkozású.
1. Szaprofiták
Az elhalt szerves anyagokon élőket szaprofitáknak nevezzük. A szaprofita baktériumoknak a szerves anyagok lebontásában óriási szerepük van a természetben, hiszen az anyagok körforgása nélkülük nem történhetne meg, ezért lebontó (dekomponáló) szervezetnek is nevezik őket. A szaprofitákhoz tartozik a baktériumok többsége. Ebbe a csoportba tartoznak a korhasztó, rothasztó és az erjesztő baktériumok.
2. Paraziták
Az élő szervezetben élősködő baktériumokat parazitáknak nevezzük. Ezek sok esetben a kórokozók csoportjába tartoznak, hiszen megbetegítik a gazdaszervezetet, amely lehet növény, állat és ember. A következőkben nézzünk néhány példát az emberi megbetegedésekre.
Parazita baktériumok által okozott emberi betegségek
A legismertebb emberi betegséget okozó baktérium a szalmonella. A betegség a baktériummal fertőzött ételekkel (nyers tojás, húsáruk) kerül a szervezetbe. A fertőzött ételek elfogyasztása után néhány óra múlva heveny hányás és hasmenés következik be. A betegséget a higiéniai előírások betartásával megelőzhetjük.
A tuberkulózis (TBC) baktérium különböző változatai megfertőzhetik az embert, de az ember is továbbadhatja a fertőzést a különböző háziállatoknak. A baktérium belégzéssel, tejjel, vagy a nyálkahártyán keresztül juthat a szervezetbe. A tuberkulózis vagy gümőkor betegség tünetei: köhögés, köpet, tüdővérzés, hőemelkedés, nehéz légzés, izzadás, gyomor-és bélpanaszok, vérkeringési zavarok, fogyás. A tej forralásával elpusztulnak a benne levő baktériumok. Az újszülöttek védőoltást kapnak, így napjainkban már nem gyakori betegség.
A Lyme-kór (borreliozis): a kullancsok terjesztik ezt a betegséget, mert a csípésük során a nyálukkal bekerülhetnek a baktériumok az állatok és az ember szervezetébe. A betegség jellegzetes tünete a kullancscsípés helye körül kialakuló, körkörösen továbbterjedő bőrgyulladás, amelyet fejfájás, láz, izom és izületi fájdalom is kísérhet. Antibiotikumos kezeléssel gyógyítható.